Với mục tiêu cụ thể đến năm 2025, rà soát, phê duyệt quy hoạch các phân khu rừng đặc dụng để quản lý, bảo vệ đa dạng sinh học; xây dựng lộ trình để nghiên cứu, đề xuất nâng cấp, đầu tư phát triển các khu bảo tồn thiên nhiên hiện trạng (Khu bảo tồn Sao La, Khu bảo tồn thiên nhiên Phong Điền, Khu bảo tồn thiên nhiên đất ngập nước Tam Giang – Cầu Hai, Khu rừng đặc dụng Bắc Hải Vân,…); Kiện toàn, nâng cao năng lực công tác quản lý và bảo vệ đa dạng sinh học tại các khu bảo tồn, các khu rừng đặc dụng, khu bảo vệ cảnh quan hiện có: Sao La, Phong Điền, Tam Giang – Cầu Hai, Bắc Hải Vân; Kiểm soát hiệu quả đối với các loài ngoại lai xâm hại và có nguy cơ xâm hại trên địa bàn tỉnh Thừa Thiên Huế; Tuyên truyền, giáo dục nâng cao nhận thức của cộng đồng trong bảo tồn đa dạng sinh học, thích ứng với biến đổi khí hậu.
Đến năm 2030, tiếp tục bảo vệ các hệ sinh thái tự nhiên có tầm quan trọng của tỉnh (như Khu bảo tồn Sao La, Khu bảo tồn thiên nhiên Phong Điền, Khu bảo tồn thiên nhiên đất ngập nước Tam Giang – Cầu Hai, Khu rừng đặc dụng Bắc Hải Vân,…); các hệ sinh thái san hô, thảm cỏ biển, các khu vực đất ngập nước quan trọng,… Thiết lập, đưa vào hoạt động một số khu bảo tồn được nâng hạng, thành lập mới; Cải thiện về chất lượng, số lượng quần thể các loài nguy cấp, quý, hiếm được ưu tiên bảo vệ, đảm bảo không gia tăng số lượng loài bị tuyệt chủng; cải thiện tình trạng loài bị đe dọa tuyệt chủng;…